Sự nghiệp của Minh Chiến bị gián đoạn và nhanh chóng kết thúc vì những chấn thương dai dẳng. Tại SEA Games 18, trong trận đấu với Campuchia ở vòng bảng, mặc dù ghi được bàn thắng nhưng Minh Chiến dính phải chấn thương sau nhiều pha vào bóng thô bạo của đối phương. Do đó, anh chỉ có thể vào sân từ ghế dự bị trong trận đấu bán kết với Myanmar khi chấn thương chưa lành hẳn. Tuy nhiên, với đôi chân vẫn còn phải băng trắng vì đứt dây chằng gối, Minh Chiến đã tung cú vô lê sau đường tạt bóng của Hồng Sơn ghi bàn thắng quyết định cho đội tuyển Việt Nam. Anh không kịp bình phục cho trận chung kết sau đó.

Sau SEA Games 18, Minh Chiến được đưa sang Đức chữa trị chấn thương cùng Hồng Sơn[1]. Anh phải mổ gối tới 4 lần. Anh trở lại thi đấu trong một thời gian ngắn cho Công an TPHCM trong năm 1996.

Anh được gọi trở lại đội tuyển quốc gia chuẩn bị cho Tiger Cup 1996. Trong trận đấu tập huấn với CLB Middlesex Wanderers của Anh, Minh Chiến đã ghi 2 bàn cho đội tuyển trong trận hòa 2-2 trên sân Hàng Đẫy. Tuy nhiên, trong một buổi đá tập trên sân Thống Nhất giữa các cầu thủ trong ĐTVN với nhau, Minh Chiến một lần nữa tái phát chấn thương đứt dây chằng gối[2]. Chấn thương này đã chấm dứt sự nghiệp của anh ở tuổi 22.